蓝藻细胞分裂时，细胞中部会向内生长出新的横隔壁，将中心质和原生质分为两半。一般情况下，两个子细胞在一个公共的胶质鞘包围下保持在一起，并且不断地分裂而形成丝状、片状等多细胞的群体。

蓝藻的繁殖方式一般分两类：一为营养繁殖，包括细胞直接分裂(即裂殖)、群体破裂和丝状体产生藻殖段等几种方法；另一种为某些蓝藻可产生内生孢子或外生孢子等，以进行无性生殖。除此之外，蓝藻还可以通过出芽、断裂和复分裂等方式进行增殖。

1、出芽

也称为芽生生殖，出芽繁殖等。是单细胞生物和低等后生动物常见的无性生殖的—种类型，在个体体壁的一部分产生小的突起，即芽基，并逐渐发育成与原个体同样的形态。这种现象称为出芽。单细胞生物与多细胞生物的出芽外观上虽然很相似，但实际内容是不同的。单细胞生物中的酵母、鳞壳虫（Euglypha）（有壳虫目）及吸管虫、夜光虫等为明显的例子；后生动物的海绵动物、腔肠动物等这种例子极多。出芽方式可分为连续出芽和非连续出芽，或外出芽、内出芽和匐枝繁殖等。

2、断裂

无性生殖方式之一：生物体在一定或不定的部位断裂成两段或几段，然后每小段发育成一新个体。无性生殖中有一类型发生在一些无脊椎动物之间，例如涡虫和珊瑚及海星等，这些生物可行断裂生殖，断裂生殖时个体会断裂成许多片段，再由这些片段发育成许多小个体。例如涡虫，将涡虫横切成两段，具有原来头部的前端会向后生出新的尾部，具有原有尾部的后端可向前生出新的头部，一般涡虫大多行有性生殖，但偶尔可见到断裂生殖。

很多生物具有再生(regeneration)能力，以弥补躯体所失去的部分。比如许多轴孔珊瑚具有断裂生殖的能力，轴孔珊瑚的生长模式是分枝繖型，但是在台风或环境中水流变强时容易发生断裂，断了的珊瑚枝片段在水流的运用会被散布到其它的地方，若该地环境适合生长，这个断裂分枝就能继续成长成为一株珊瑚，因此，这个无性生殖的方式，会让轴孔珊瑚在形成一个单一同源的族群。

又如海星是棘皮动物，其中有的种类海星的腕会自动断裂，而断了腕的海星，会由断裂处又长出新的腕，而每一只断掉的腕可以慢慢再长出其它四只腕，而且继续长成一只完整的海星，以这种断裂方式，可以繁殖出和自己本身遗传组成一模一样的个体，而且整个成长到达成体的过程时间短，很快又能繁殖下一个”分身”。

3、复分裂

复分裂又称为多分裂、裂殖生殖。是原生动物一种无性生殖方式，分裂时细胞核先分裂多次，形成许多核之后细胞质再进行分裂，最后形成许多单核子体。分为裂体分裂（如疟原虫）和孢子生殖（如孢子虫）。